Trần Phước Thọ gia nhập lò đào tạo trẻ của Long An năm 14 tuổi trong sự ủng hộ của bố và sự phản đối của mẹ.[2]

Năm 2013, anh được đôn lên đội một của Đồng Tâm Long An trong vị trí hậu vệ cánh trái. Tuy nhiên, phải năm 2014 anh mới được gia sân thường xuyên.[2]. Anh đã nhiều lần được tập trung vào tuyển U-23 quốc gia. Khi sự nghiệp đang thăng hoa, năm 2015 anh lại gặp phải chấn thương dây chằng và rạn xương bàn chân nghỉ thi đấu tới tháng 4 năm 2016. Ngay khi vừa trở lại tập luyện để chuẩn bị cho giai đoạn 2 của V-League thì anh đã gặp phải tai nạn giao thông.